Il museo di belle arti di Marsiglia è stato istituito nel 1802, con il Decreto del 13 Fruttidoro (31 agosto), detto "Decreto Chaptal", dal nome del Ministro degli Interni dell'epoca Jean-Antoine Chaptal che aveva progettato di inviare quadri, sculture e oggetti d'arte in diverse città di provincia (fra le quali alcune oggi non più francesi). Le prime collezioni provenivano dai sequestri dei beni dei cittadini espatriati a causa della Rivoluzione e, per poter redigere l'inventario di tali beni artistici assegnati alla città di Marsiglia, nel novembre del 1794 fu istituita una Commissione cittadina delle arti presieduta da Claude-François Achardré. Per la sistemazione dei beni fu poi scelta la cappella del Convento delle Bernardine, quindi il museo fu inaugurato dal prefetto Antoine Claire Thibaudeau il 9 settembre 1804: sarà questo il primo vero museo della città di Marsiglia.
Ma la cappella delle Bernardine si mostrò subito non sufficientemente ampia per l'esposizione delle varie opere d'arte, e pertanto apparve indispensabile trasferire tutto il materiale in nuovi locali più vasti. Per far questo, però, bisognò attendere la fine della costruzione del Palazzo Longchamp, concepito per commemorare, con un certo fasto, l'allaccio idrico della città con il fiume Durance, che aveva messo fine alla grave scarsità di acqua di Marsiglia, ed alle sue nefaste conseguenze sulla salute della popolazione, in particolare durante le epidemie di colera. Tale allaccio era stato possibile grazie alla realizzazione del Canale di Marsiglia, affidata all'ingegnere francese Jean François Mayor de Montricher.
Il progetto di questa architettura celebrativa, che si deve all'architetto Henri-Jacques Espérandieu, prevedeva un castelletto centrale per evidenziare la sorgente, dai cui lati si dipartivano i due bracci di un colonnato emiciclico. Nell'ampia superficie digradante, parzialmente racchiusa dal colonnato, era prevista una serie di cascate e giochi d'acqua, la quale confluiva poi nel laghetto artificiale alla base della piccola collina.
Alle due testate del colonnato, inoltre, si saldavano due edifici simmetrici destinati ad accogliere il Museo di storia naturale e, per l'appunto, il Museo di belle arti. Sul retro, un parco e un giardino zoologico avrebbero completato questa imponente realizzazione. E così fu fatto. Il Palazzo fu inaugurato il 14 agosto del 1869, ma per l'apertura del Museo di belle arti si dovette attendere sino al 1 gennaio 1873.
Di recente, dopo oltre 130 anni, si è reso necessario un restauro completo del Palazzo Longchamp e quindi del museo. I lavori sono iniziati nel 2005 e sono terminati nel giugno del 2013, restituendo il lustro iniziale a tutto il complesso. Gli spazi interni del museo sono stati rinnovati e conformati alle norme della conservazione delle opere, della sicurezza e dell'accessibilità.
Collezioni
Pitture
La collezione di pittura comprende opere delle Scuole francesi, italiane, spagnole e nordiche (Fiandre, Olanda). L'elenco degli artisti è parziale.
Scuola francese del 1600
Philippe de Champaigne: L'assomption de la Vierge - Apothéose de Madeleine
Meiffren Conte: Vase de Chine, coquillages, bronzes antiques, livres et tapis
Louis Cretey: Le Christ après la flagellation
Jean Daret: Déploration sur le corps du Christ - Diane découvrant la grossesse de Callisto - Portrait d'un magistrat - Esculape ressuscitant Hippolyte
Louis Finson: Autoportrait - Madeleine en extase - Samson et Dalila
Eustache Le Sueur: La présentation au temple
Reynaud Levieux: Nature morte à l'épagneul nain - Nature morte au perroquet rouge
Nicolas Mignard: Vierge à l'Enfant - Paysage
Jean-Baptiste Monnoyer: Fleurs
Pierre Puget: Sainte Cécile - La sainte famille au palmier - La vierge apprenant à lire à l'enfant Jésus - Le baptême de Clovis - Le baptême de Constantin - Le sommeil de l'Enfant Jésus - L'éducation d'Achille
Simon Renard de Saint-André: Vanité
Michel Serre: Vue du cours pendant la peste de 1720 - Vue de l'Hôtel de ville pendant la peste de 1720 - La Madeleine pénitente
Simon Vouet: La Vierge et l'enfant Jésus
Scuola francese del 1700
Laurent Cars (attribuito): Portrait de François Boucher
Philippe Henri Coclers van Wyck: Autoportrait
Michel-François Dandré-Bardon: Allégorie de la paix de Vienne - Académie d'homme - Les bonnes œuvres des filles de Saint Thomas de Villeneuve
Jacques-Louis David: Saint priant la Vierge pour la cessation de la peste
Alexandre-François Desportes: Le chasseur indien - Les pêcheurs indiens
Françoise Duparc: La marchande de tisane - Femme à l'ouvrage - L'homme à la besace - La vieille
Henri Antoine de Favanne: Junon vient trouver l'océan pour lui demander que la grande ourse ne vienne jamais plonger dans ses eaux
Jean-César Fenouil: Portrait du comédien Préville
Anne-Louis Girodet: Portrait de Giuseppe Favega
Jean-Baptiste Greuze: Autoportrait âgé - Portrait d'homme
Antoine-Jean Gros: portrait de Madame Favega - Portrait de Monsieur Bruguière
Jean Henry detto Henry d'Arles: Léda et le cygne - Pan et Syrinx - Une tempête
Jean-Joseph Kapeller: Embarquement de l'expédition du maréchal de Richelieu pour Minorque
Charles François Lacroix de Marseille: Bord de mer
François Lemoyne: L'entrée au bain
Philippe-Jacques de Loutherbourg: Caravane
Jean-Marc Nattier: Portrait de Madame de Châteauroux en Aurore
Étienne Parrocel: Saint François Régis priant pour la cessation de la peste
Pierre Parrocel: La pêche du poisson
Pierre Peyron: Marcus Curius Dentus refusant les présents des Samnites
Jean-Baptiste Marie Pierre: Le martyre de saint Étienne
Jean Raoux (attribuito): Jeune fille au collier de perles - Jeune fille aux mains croisées
Jean-Baptiste Regnault: Iphigénie et Oreste en Tauride
Hubert Robert: Paysage de fantaisie - Jardin italien
Louis Tocqué: Portrait du comte de saint-Florentin
François Topino-Lebrun: Mort de Caïus Gracchus
Robert Tournières: Portrait de Monsieur de Saint-Cannat et ses enfants
Joseph Vernet: Une tempête
Joseph-Marie Vien: Le centenier au pied du Christ
Élisabeth Vigée Le Brun: Portrait de la duchesse d'Orléans
François-André Vincent: Portrait du peintre Lemonnier - Portrait du comédien Dazincourt
Scuola francese del 1800
Jacques Raymond Brascassat: Paysage, villa casa à Naples
Carolus-Duran: Portrait de Madame Goldschmidt
Jean-Baptiste Camille Corot: Vue prise de Riva - Le bouleau - Le petit pont
Gustave Courbet: Le cerf à l'eau (detto Le cerf forcé)
Alexis Daligé de Fontenay: Vue prise sur le chemin de Maladetta
Charles-François Daubigny: Les graves à Villerville (Calvados)
Honoré Daumier: Don Quichotte et Sancho Pança
Narcisse Díaz de la Peña: Sous-bois
Auguste de Forbin: Intérieur avec fond de paysage - Intérieur d'église
François Gérard: Monseigneur de Belsunce pendant la peste
Jean-Auguste-Dominique Ingres: Éliezer et Rébecca (copia parziale da Poussin)
Charles Jalabert: La peste de Thèbes o Œdipe fuyant la malédiction des habitants
Armand Laroche: Portrait du sculpteur Philippe Poitevin
Jean-François Millet: Femme faisant manger son enfant (la bouillie)
Pierre Puvis de Chavannes: Marseille, colonie grecque - Marseille, porte de l'Orient - Retour de chasse
Théodule Ribot: Le cuisinier comptable - Le mitron - La tricoteuse
Lancelot Théodore Turpin de Crissé: Vue prise de Roquebrune
Scuola provenzale del 1800
Auguste Aiguier: Effet du soleil couchant sur la Méditerranée
Prosper Barrigue de Fontainieu: Vue de Cava dei Tireni
Maurice Bompard: La fileuse - Le harem - Une rue de l'oasis Chetma
Michel-Honoré Bounieu: Supplice d'une vestale
Fabius Brest: Un caravansérail à Trébizonte
Jean-Antoine Constantin: Fontaine de Vaucluse
Marius Engalière: Vue générale de Grenade sur la route de Malaga, Bord de rivière - La clairière - La moisson - La Sainte-Baume - La sparterie - Vue d'un village au sud de l'Espagne
Prosper Grésy: Les Baigneuses
Paul Guigou: Les collines d'Allauch - La Canebière vue des allées de Meilhan - La Roque d'Anthéron - Lavandière au ruisseau - Les grands saules; Les Martigues ; Petite route dans les pins, Plan d'Orgon - Triel sur Seine
Jules Laurens: Tête de voie romaine
Émile Loubon: Vue de Marseille prise des Aygalades un jour de marché - La montagne Sainte-Victoire, transhumance - La route d'Antibes à Nice - Paysage au troupeau dans un cirque montagneux
Adolphe Monticelli: Étude de colline (Le Garlaban) - Portrait de madame Pascal - Les flamants - Scène de parc, femmes, enfants et chiens - Scène de parc, femmes, enfants, cygnes et chiens - Turcs à la mosquée
Gustave Ricard: Portrait du peintre Loubon
José Silbert: Espagnole - Légende de saint Marin de Dalmatie - Mon portrait - Montreur de cacatoès - Sérénade de mannequin - Tête de marocain.
Félix Ziem: La fantasia sur les rives du Bosphore - Quai du port à Marseille - Vue de Venise ou Bucentaure
Scuola italiana
Gioacchino Assereto: Tobia visita suo padre
Marcantonio Bassetti: San Sebastiano curato da Irene
Guido Cagnacci: Francescano
Giovanni Cariani: San Sebastiano fra i santi Rocco e Margherita
Agostino Carracci: Festa campestre o festa milanese
Carlo Dolci: Gesù prende la croce di San Giuseppe
Lavinia Fontana: Consacrazione alla Vergine
Giacinto Gimignani: Presentazione di Gesù al Tempio - Adorazione dei pastori - Adorazione dei Magi - Visitazione - Comunione della Vergine
Giovanni Francesco Barbieri detto Il Guercino: Addio di Catone di Utica a suo figlio
Giovanni Lanfranco: Elia nutrito dal corvo
Carlo Maratta: Ritratto del cardinale Alderano Cybo
Pietro Novelli: David afferra la testa di Golia
Giovanni Paolo Panini: Galleria del cardinale Silvio Valenti
Bartolomeo Passarotti: Ritratto d'uomo
Guido Reni da: Carità romana
Pietro Vannucci detto Il Perugino: Famiglia di sant'Anna
Giulio Pippi detto Giulio Romano: Tre soldati romani a cavallo
Giandomenico Tiepolo: Cristo e l'adultera
Giuseppe Vermiglio: Cristo morto sostenuto da due angeli
Scuola fiamminga e olandese
Jan van Bijlert: Portrait d'homme - Portrait de femme
Gaspard de Crayer: Hercule, Omphale et Minerve
Karel Dujardin: Étude de torse
Jacob Jordaens: La pêche miraculeuse
Frans Pourbus le Jeune: Portrait de l'archiduc Albert d'Autriche, gouverneur des Pays-Bas
Peter Paul Rubens: La chasse au sanglier - La résurrection du Christ - L'adoration des bergers - Portrait de femme
Frans Snyders: Nature morte de gibier, poissons, fruits et légumes
Matthias Stomer: Le roi David
Michael Sweerts: Tête d'homme, dite le juif
Nicolaes van Verendael: Fleurs dans un vase de verre
Jan van de Venne: Le campement de bohémiens
Jacob Ferdinand Voet: Portrait d'homme dit l'homme à la ganse jaune
Disegni
Della Scuola francese vi sono in particolare disegni di Pierre Puget.
Della Scuola italiana vi sono disegni di: Pontormo, Il Guercino, Giovanni Lanfranco, Salvator Rosa e 21 disegni toscani del 1500 e inizio 1600, e inoltre Fra Angelico, Baccio Bandinelli, Francesco Salviati, Baldassarre Peruzzi, Il Sodoma e Giorgio Vasari.
Sculture
Il museo possiede un notevole insieme di sculture di Pierre Puget, e La Méditation, capolavoro di Auguste Rodin, offerta al museo dall'autore stesso.